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Pubchem-免费化学资源数据库
PubChem是一个强大的化学信息资源，为科学研究和教育提供了丰富的数据和工具。其免费、公开的特点，庞大的数据量，以及强大的搜索和分析功能，使其成为化学信息学和药物发现领域的重要工具。
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详细信息
PubChem数据库简介
PubChem是由美国国立卫生研究院（NIH）下属的国立生物技术信息中心（NCBI）维护的一个免费的化学结构数据库，旨在为科学研究和教育提供丰富的化学信息资源。自2004年启动以来，PubChem已经成为化学信息领域的重要资源，广泛应用于化学信息学、化学生物学、药物化学和药物发现等多个领域。
数据库内容
化学物质信息：PubChem包含数以亿计的化学物质描述，涵盖了从小分子到大分子的各种化学实体，如siRNAs、miRNAs、碳水化合物、脂质、肽、化学修饰的大分子等。
生物活性数据：数据库中还包含了大量化合物的生物活性数据，如半数抑制浓度（IC50）等，这些数据主要来自高通量筛选实验。
专利信息：PubChem与多个专利数据库链接，提供了约600万份专利文件与超过1600万种独特化学结构之间的链接，覆盖了自1800年以来的美国、欧洲和世界知识产权组织的专利文件。
数据库特点
免费和公开：PubChem是一个免费的资源，任何人都可以访问和下载数据，这促进了科学研究和教育。
数据量巨大：截至2025年，PubChem已经收录了超过1亿种化学物质和2亿条生物活性数据。
标准化数据：PubChem提供了标准化的化学结构数据，有助于研究者进行一致性和可比较性分析。
搜索和分析工具：PubChem提供了强大的搜索工具和分析功能，支持基于SMILES、文本名称、分子公式和子结构的化学相似性搜索。
与其他数据库的链接：PubChem与NCBI的其他数据库（如Gene、Protein等）以及外部数据库（如ChEMBL、DrugBank等）有链接，方便进行交叉查询。
主要功能
数据提交与标准化：PubChem允许用户提交化学物质信息，并通过标准化流程确保数据的一致性和准确性。
结构搜索：用户可以通过化学结构或化学结构模式查询PubChem化合物数据库。
生物活性数据探索：PubChem提供了工具来探索化合物的生物活性数据和靶点信息。
3D结构查看器：PubChem 3D Viewer提供了一个用户友好的界面，用于渲染PubChem化合物记录的多个三维结构，并可视化结构构象叠加。
分类浏览器：PubChem Classification Browser允许用户浏览PubChem数据在感兴趣层次结构中的分布，从而提供PubChem数据的聚合视图。
应用领域
药物发现：PubChem在药物发现的多个方面都有广泛应用，如先导化合物的识别和优化、化合物-靶点分析、多药理学研究和未知化学身份的阐明。
化学生物学研究：通过提供丰富的化学物质和生物活性数据，PubChem支持化学生物学研究，帮助研究人员探索化学物质与生物系统之间的相互作用。
信息学工具开发：PubChem是一个宝贵的资源，用于开发次级数据库、信息学工具和网络服务。
更新与维护
定期更新：PubChem定期更新，包括新增化合物和更新现有数据，确保数据库内容的时效性和准确性。
数据来源广泛：数据由超过350个贡献者提供，包括大学实验室、政府机构、制药公司、化学供应商、出版商和多个化学生物学资源。
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