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详细信息
AlphaFold Protein Structure Database
AlphaFold数据库是基于AI模型AlphaFold2预测的一个开放获取的、包含大量高精度蛋白质结构预测数据的数据库。截至2025年，它已经收录了超过2亿个蛋白质结构，覆盖了人类、小鼠、果蝇、大肠杆菌等常见模式生物，甚至包括新冠病毒、流感病毒等病原体的关键蛋白。
AlphaFold DB提供了对预测原子坐标、每个残基和成对模型置信度估计以及预测的对齐误差的程序化访问和交互式可视化的功能。预测的结构包含原子坐标和每个残留物的置信度估计，范围从0到100，分数越高置信度越高，且AlphaFold预测域具有良好的相对位置和方向。
实操指南
AlphaFold DB通过一组网页（https://alphafold.ebi.ac.uk/）提供对其预测的便捷访问。这些页面包含了对AlphaFold系统的介绍，发布了最常见的问题及解答，允许完整蛋白质组的批量下载，并提供了一个搜索引擎页面来查找特定感兴趣的蛋白质。
用户可以通过基因名称、蛋白质名称、UniProt登录号或生物体名称进行检索。可以对搜索结果进行过滤，例如只显示人类蛋白质。
Step1：精准搜索
● 用基因名/蛋白名搜索：比如直接输入“TP53”，数据库会自动匹配物种，显示对应的蛋白质条目。
● 用UniProt ID搜索：如果知道蛋白的UniProt编号（如“P04637”），直接输入能精准定位，避免重名干扰。
● 按物种筛选：首页检索框输入并选择你研究的物种（如“Homo sapiens”），点击“Search”，再按蛋白是否人工校验或平均pLDDT分值筛选查找。
Step2：解读结果页
点击搜索结果进入蛋白详情页，这三个部分最实用：
1. 结构置信度评分：“pLDDT”分数越高（接近100）说明结构预测越可靠。如果某段区域分数低于50，可能是无序结构，需要结合实验验证。
2. 3D结构展示：中间的交互式 viewer，支持旋转、放大，还能按二级结构（α螺旋、β折叠）着色，直观看到蛋白的空间形态。
3. 相关数据链接：页面有UniProt、PDB、GO注释等数据库的链接，一键跳转获取更多蛋白功能信息。
Step3：下载与导出
若您需要用PyMOL、Chimera等软件进一步分析，点击viewer下方的“Download”按钮，支持多种格式：
● PDB格式：最常用的结构文件，几乎所有分子模拟软件都支持。
● mmCIF格式：包含更多元数据的标准格式，适合长期存储。
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