2778
0
KNApSAcK数据库
KNApSAcK是一个描述物种及其代谢产物之间关系的数据库。KNApSAcK代谢组学的目的是从质谱峰、分子中寻找代谢产物重量和分子式，以及种类。它由KNApSAcK代谢组搜索引擎和KNApSAcK核心系统组成。
推荐指数：
详细信息
KNApSAcK是一个描述物种及其代谢产物之间关系的数据库。KNApSAcK代谢组学的目的是从质谱峰、分子中寻找代谢产物重量和分子式，以及种类。它由KNApSAcK代谢组搜索引擎和KNApSAcK核心系统组成。KNApSAcK数据库中包含 41548 个 GZ-植物对条目，包括 222 个 GZ 和 15240 种药用/食用植物。KAMPO DB 由 336 个配方组成，包含 278 种药用植物；JAMU DB 由包含 550 种药用植物的 5310 个配方组成。生物活性数据库由 2418 种生物活性和 33706 种药用植物与其生物活性之间的成对关系组成。各个数据库之间二元关系的当前统计数据通过度分布分析来表征，从而预测所有植物中至少有 1060000 种代谢物。更新至2023年，该数据库中包含63723个代谢产物，159101条代谢物-物种对和24,749个物种。
KNApSAcK核心系统
KNApSacK核心系统使用KNApSacK核心数据库搜索代谢物和物种该数据库由物种-代谢物关系组成。KNapS Core System可通过在主窗口中单击KNapSacK Core System访问。
KNApSAcK搜索引擎
KNApSAcK提供网页版及软件版搜索。KNApSAcK可以通过输入代谢物名称、生物体（学名）、分子量或分子式来检索数据库中所含代谢物的信息。具体如下：
1.按代谢物或生物体名称搜索
在按生物体（学名）或代谢物名称搜索的情况下，不区分小写字母和大写字母。
1.1 选择“生物体”，输入“生物体名称”，然后单击“列表”按钮。输入的生物体名称与数据库中的生物体名称相匹配。生物体名称可以是属上的物种名称。如果我们输入“Ara”，则列出与带有“ara”的物种名称相关的代谢物。例如，列出了与拟南芥，Marah macrocarpus等相关的代谢物。
1.2 选择代谢物，输入代谢物名称，然后单击列表按钮。输入的代谢物名称与数据库中的代谢物名称完全匹配。如果我们输入“葡萄糖”，则列出带有“葡萄糖”的代谢物。例如，ADP-D-葡萄糖、D-葡萄糖6-磷酸等。
2.按分子量搜索
如果我们输入所需的分子量和裕量值，然后单击“列表”按钮，则列出分子量在149-151范围内的代谢物。
3.按分子式搜索
代谢物名称和代谢物的来源通过分子式搜索列出。输入分子式，然后单击“列表”按钮。当用户有兴趣了解与分子式相对应的分子结构时，应在输入分子式后单击分子结构按钮，并将分子结构显示在单独的面板中。
4.按层次结构搜索
单击面板右侧的“按层次结构搜索”按钮，然后面板底部会出现层次结构表。接下来，选择任何层次结构级别的任何分类名称，然后单击“搜索”按钮，然后属于所选分类的属名将列在右侧。接下来选择一个属名，然后在上方面板中列出生物体名称、分子式、代谢物名称和分子量。 例如，当选择十字花科分类级下的十字花科植物时，在面板中自动分配相应的上层分类级别，即目、亚类、门、界和超界分别自动更改为“十字花科”、“芸苔属”、“链霉菌门”、“Viridiplantae”和“真王门”。
5.质谱中化合物的检索
质谱数据集的格式网络版和下载版的质谱数据集格式相同。数据集必须构造为文本文件。第一行，即质谱数据的注释行，必须以“：”开头。第二行，单个质谱数据的属性，也必须以“：”开头。每列由一个制表符分隔。第一列对应m/z，倒数第二列对应用户定义的实验条件。从第三条到最后一条线的每一行都包含各个实验条件下的 m/z 值和相应的强度。
随机推荐