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GenBank数据库查询简介
GenBank是美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information ,NCBI)建立的DNA序列数据库,从公共资源中获取序列数据,主要是科研人员直接提供或来源于大规模基因组测序计划( Benson等, 1998)。为保证数据尽可能的完全,GenBank与EMBL(欧洲EMBL-DNA数据库)、DDBJ (日本DNA数据库:DNA Data Bank of Japan)建立了相互交换数据的合作关系。
完整的GenBank数据库包括序列文件,索引文件以及其它有关文件。索引文件是根据数据库中作者、参考文献等字段建立的,用于数据库查询。GenPept是由GenBank中的核酸序列翻译而得到的蛋白质序列数据库,其数据格式为FastA。GenBank曾以CD-ROM光盘的形式分发,价格比较便宜。随着数据库容量的增长,一套最新版的GenBank需要12张光盘存放,不仅生产成本很高,也不便于使用。现在,光盘分发的方式已经停止,可以通过网络下载GenBank数据库。
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