766
0
NPASS
NPASS是天然产物活性与物种来源数据查询网站，已成为 NP 研究界的主要数据源之一。当前版本（V2.0）的NPASS数据库提供了从32,287个源生物中分离出的94,413种独特的天然产物，以及7,753个靶标的958,866个活性记录。
推荐指数：
详细信息
天然产物活动和物种来源数据库（NPASS）自 2017 年发布第一个版本以来，通过手动收集这些来自单个文献的宝贵数据并将其整合到一个集中式数据库中，已成为 NP 研究界的主要数据源之一。当前版本（V2.0）的NPASS数据库提供了从32,287个源生物中分离出的94,413种独特的天然产物，以及7,753个靶标的958,866个活性记录。下表总结了 NPASS-v2.0 中的主要变化：
NPASS数据源来源于两个方面：
一、天然产物的物种来源
物种来源信息主要来自对出版物的人工检查。此外，我们还调查了现有的天然产物相关数据库，以寻找物种来源注释。
♦ 从出版物中手动批注
使用多个关键词/关键词组合来检索文献，这些文献可能涉及NPs的分离、全合成、活性评价。这些关键词包括天然产物、NP、自然、海洋、植物、微生物、微生物、细菌、真菌、物种、传统医学、药用、土著、民间、草药、草药、草药、中药、中药、阿育吠陀、活性、活性、生物活性、效力、效力、IC50、Ki、EC50、GI50 和 MIC。检索到的出版物首先要手动检查标题，以确认文献是否真的具有启示性。然后，下载这些相关出版物的全文，用于人工核对相应天然产物的物种来源（包括NP是否为作者声称的新颖结构、物种采集地点和时间、用于分离的物种部分等）。
♦ 从现有数据库中收集
现有的数据库很少包括天然产物的部分物种来源信息。 这些数据库包括：TCM-ID、TCMID、TCM@TaiWan、TCMSP、UNPD、TM-MC、StreptomeDB、TTD、TarNet、ChEBI 和 HerDing。因此，根据这些数据库搜索NP名称/结构以提取物种来源信息。
二、天然产物的生物活性
NPs针对特定靶点的定量活性数据（包括：靶点信息、活性类型和值、化合物剂量等）从ChEMBL数据库（ver-30）中整合，并从上一段所述的文献中手动整理。收集的活性类型包括抑制浓度/剂量（如 IC50/IC90/ID50）、活性浓度（如 AC/AC40/AC50/效力）、微生物抑制或致死浓度（如 MIC/MFC/MBC/FC）、生长抑制浓度（如 GI/GI50/TGI）、固定浓度下的百分比抑制（如抑制率）、有效抑制/剂量（如 EC50/EC90/ED50/ED90）、平衡抑制常数 Ki、致死浓度/剂量（如 LC/LC50/LC90/LD50/LD90）、 抑制区 IZ、平衡结合常数 Kd、比值 IC50/比值 EC50/比值/Ki、细胞毒性浓度（如 CC25/CC50/CC90/CC100）和毒性浓度/剂量（如 TC50/TD50）。一半以上的活度值以nM为单位存储，其他单位包括ug/ml、mg/kg、%、mm等。
网站免费访问，可通过关键字、物理化学性质范围、结构相似性、物种和目标搜索工具搜索。NPASS数据库可为高度精选的具有结构、实验活性值和合成它们的生物体的 NPs 提供可靠的来源。
随机推荐