PDB蛋白质结构

PDB是目前最主要的收集生物大分子(蛋白质、核酸和糖)2.5维（以二维的形式表示三维的数据）结构的数据库

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简介

PDB蛋白质结构数据库(Protein Data Bank,PDB)是美国Brookhaven国家实验室于1971年创建的，由结构生物信息学研究合作组织(Research Collaboratory for Structural Bioinformatics,RCSB)维护。RCSB PDB （RCSB.org）作为美国全球蛋白质数据库（PDB）存档的数据中心，是目前最主要的收集生物大分子(蛋白质、核酸和糖)2.5维（以二维的形式表示三维的数据）结构的数据库，存储了X射线单晶衍射、核磁共振、电子衍射等实验手段确定的蛋白质、多糖、核酸、病毒等生物大分子的三维结构数据。目前，已经有 202,467个PDB结构。

PDB数据库以文本文件形式存储分子数据，每个分子形用一个独立的文件。早期的分子文件的文件名后缀为“.pdb”，1997年以后每1种生物大分子对应1组(3个)相关文件分别是：全文文件(后缀为“.full”相当于原来的“.pdb”文件)、书目文件(后缀为“.biblio”)和图形文件(后缀为“.gif”)。RCSB PDB 数据集是一个收集了蛋白质的三维结构信息的数据库，是世界蛋白质数据库（wwPDB）的成员之一，也是生物学和医学领域第一个开放访问的数字数据资源库。RCSB PDB 数据集不仅提供了来自蛋白质数据银行（PDB）档案的实验确定的3D结构，还提供了来自 AlphaFold DB 和 ModelArchive 的计算结构模型（CSM）。用户可以利用 RCSB PDB 数据集提供的各种工具和资源，根据序列、结构和功能的注释进行简单和高级搜索，可视化、下载和分析这些分子，并且在外部注释的背景下，探索生物学的结构视角。

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