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人类代谢组数据库(HMDB)
人类代谢组数据库（www.hmdb.ca）是一个基于Web的代谢组学数据库，其中包含有关人类代谢物及其生物学作用，生理浓度，疾病关联，化学反应，代谢途径和参考光谱的全面信息。
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详细信息
一、简介
人类代谢组数据库(Human Metabolome Database，HMDB)是加拿大代谢组学创新中心（TMIC）创立的人体代谢组学综合数据库，自2007年以来一直致力于提供有关人类代谢物及其相关生物、生理和化学特性的全面参考信息，至2023年已更新迭代至5.0版本。
人类代谢组数据库(HMDB)是一个免费电子数据库，也是世界上最大、最全面的生物特异性代谢组数据库。它旨在用于代谢组学、临床化学、生物标志物发现和通识教育。人类代谢组数据库(HMDB)包含丰富的注释，严格地交叉检查，广泛的参考信息，收录了目前已知的人类代谢物。这包括HMDB的“MetaboCard”中包含的化学结构、名称或标识符、详细的文本描述、参考文献、化学分类、生物作用、生理浓度、组织/体液位置、疾病关联、遗传关联、化学和酶促反应、代谢途径和用作参考的 MS/MS(串联质谱)、GC-MS(气相色谱质谱)和NMR(核磁共振)谱图的信息。
二、查询指南
1.数据范围
HMDB 5.0现在共有 217920 种化合物。除了这些注释的代谢物之外，HMDB还保留了1581537 个未注释的衍生化合物集合，这些衍生化合物对应于 TMS 和 TBDMS 衍生的代谢物，可以通过GC-MS方法检测到。
HMDB 5.0包含链接化学数据、临床数据、分子生物学/生物化学数据三种数据库。HMDB 5.0目前提供 220,945 个代谢物条目，包括水溶性和脂溶性代谢物。以及，与这些代谢物条目相关的8,610 个蛋白质序列（酶和转运蛋白）。
每个 MetaboCard 条目包含 130 个数据字段，其中 2/3 的信息用于化学/临床数据，另外 1/3 用于酶或生化数据。许多数据字段超链接到其他数据库（KEGG、PubChem、MetaCyc、ChEBI、PDB、UniProt 和 GenBank）以及各种结构和通路查看。
HMDB数据库支持广泛的文本、序列、化学结构、MS和NMR光谱查询搜索。另外四个数据库，DrugBank、T3DB、SMPDB 和 FooDB 也是 HMDB 数据矩阵的一部分。
◆DrugBank 包含 ~2832 种药物和 800 种药物代谢物的等效信息.
◆T3DB 包含 ~3670 种常见毒素和环境污染物的信息.
◆SMPDB 包含 ~132,335 种人类代谢、药物和疾病通路的通路图以及其他生物体的 ~60,628 种通路。
◆FooDB 包含 ~70,000 种食品成分和食品添加剂的等效信息。
2.检索方式
◆ 简单文本查询支持对整个文本组件的常规文本查询数据库。
◆单击“浏览”菜单标题（在 HMDB 导航上） 面板）生成 HMDB 内容的表格概要。此浏览视图允许用户 随意滚动浏览数据库或重新排序其内容。单击给定的 HMDB ID 会带来 向上提供相应代谢物的完整数据含量。“浏览”菜单中的“生物样本”链接会生成超链接表，其中列出了正常和异常浓度 23 种不同生物样本的不同代谢物。
◆ 在“搜索”菜单中，“ChemQuery 结构搜索”链接允许用户绘制（使用 ChemSketch 小程序） 或写入（使用 SMILES 字符串）化合物，并在 HMDB 中搜索相似或相同的化学物质 到查询复合体。文本查询支持更多 对文本部分进行复杂的文本搜索（部分单词匹配、区分大小写、拼写错误等） HMDB的。
◆序列搜索允许用户进行 BLAST 序列搜索 HMDB中包含的超过8,299个基因和蛋白质序列。单序列和多序列 BLAST 查询 支持。
◆ 高级搜索链接将打开一个易于使用的关系 查询搜索工具，允许用户选择或搜索子字段的各种组合。这 高级搜索是 HMDB 最复杂的搜索工具。
◆MS Search 允许用户提交质谱文件（MoverZ 格式），这些文件将针对 HMDB 的库进行搜索 LC-MS/MS谱图。这允许通过LC-MS/MS光谱从混合物中鉴定代谢物。
◆1D 和 2D NMR 搜索允许 用户提交1H或13C NMR谱图（纯谱和混合物）或2D TOCSY或13C HSQC的峰列表 谱图，并将这些谱图与NMR库进行比较 包含在 HMDB 中。这允许通过核磁共振波谱从混合物中鉴定代谢物。
◆下载链接提供指向收集的序列、图像和文本的链接 与 HMDB.HML 主页按钮链接 到人类代谢组文库 （HML） 主页。这 HML 列出了世界各地的研究人员可以付费订购的代谢物。
◆最后，在“关于”菜单下 有 HMDB 统计信息的链接，以及有关用于组装 HMDB 的数据源的信息。
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