CMAUP数据库

CMAUP，植物活性分子数据库，免费开放使用，最后更新时间2018年。CMAUP 数据库提供了 5645 种植物的分子活性集合，其中包括 79 个国家/地区使用的 2567 种药用植物，对 646 种人类靶蛋白和 2473 种基因本体、234 条 KEGG 通路及其与 656 种人类疾病的关系。为了开发数据库，通过手动检查 1562 篇文献或从其他相关数据库中整理了植物的化学成分，从而形成了一个全面的植物成分数据集。接下来，通过匹配成分的化学结构，从 ChEMBL 和 NPASS 数据库中收集这些成分的生物活性。植物药用信息是从文献或少数传统医学数据库中手动收集的。仅包括活性类型为 IC50/EC50/AC50/Ki/Potency 且活性单位为 nM 的成分对人类靶蛋白的活性用于进一步分析（排除对非人类蛋白质的活性）。在注释了单个植物成分的活性后，将活性≤1000nM（≤10000nM作为2级截止值）的蛋白质定义为植物的人类靶蛋白。对人类靶蛋白的基因列表进行了基因本体论和KEGG通路富集分析。从治疗目标数据库 (TTD) 中收集已批准或临床研究的治疗目标及其相关的人类疾病。根据 TTD 数据，当植物的一种或多种目标蛋白是疾病的目标时，人类疾病与植物有关。